Nevím jak, ještě jsem to nezkoušel.
Ale myslím si, že když by se měly do hry načíst dvě verze stejného souboru (třeba textury) - a teď nemyslím texturu z *bsa a texturu z "textures" - načte se z adresářů nainstalovaných modifikací, které jsou mimo adresář hry, jen ta poslední.

Mod Isolation (1):
------------------

What mod isolation means is that each mod is installed into its own directory outside the actual data directory.
Through some magic MO then shows the game (and any other 3rd party tool that works on the data directory) a "virtual"
data directory that is a merger of the actual data directory and all the mod directories.
This way no file ever get overwritten when you install a mod and your data directory can remain in a vanilla state.
You can simply change the "installation order" of mods from the gui and deinstall or temporarily deactivate one
without breaking other mods.