Hlavní problém je v tom, jak obě verze samostatně fungují. Komunita, která dělá craftbukkit, se nemá ráda s komunitou, která dělá tekkit (více si o tom můžeš přečíst na internetu).

Craftbukkit používá pluginy, které běží, alespoň pokud je mi známo, pouze na straně serveru (pokud je to teď jinak, tak se omlouvám. Naposledy, co jsem měl co dočinění s CB, jednalo se o verzi 1.3.2. Od té doby jsem už pak vždy provozoval pouze tekkit servery).

Tekkit (tekkit lite, FTB, a všechny další módy tekkitu - je jich opravdu hodně) používá tzv. módy. Tyto módy je třeba instalovat jak na straně klienta, tak na straně serveru. Z tohoto důvodu nelze módy s pluginama kombinovat tak jednoduše, jak jsi popsal.

Ale řešení existuje! Jedna další komunita si řekla, že by bylo fajn, kdyby existovalo něco, na čem by běžely jak pluginy, tak módy současně. A tak vznikl tzv. MCPC+. Je to vlastně upravený craftbukkit, který obsahuje ModloaderMP (věc, která umí načíst a používat pluginy) a také tzv. FML (Forge mod loader - ten zas umí načítat a používat módy). Netvrdím, že je MCPC+ jediné řešení, našel jsem i další, ale MCPC+ bylo jediné, co mi vždy fungovalo na 100%. Takže se dále o alternativách ani zmiňovat nebudu.

A teď k samotnému řešení:
Nejprve musíš svůj bukkit server nahradit již zmíněným MCPC+. Na jeho vývoji se pořád pracuje a poslední verzi (1.6.4) nalezneš ke stažení zde. Pokud z nějakého důvodu budeš vyžadovat vyšší verzi, tak si bohužel budeš muset počkat (ani samotný tekkit zatím není na vyšší verzi).
Po prvním spuštění serveru (pokud provedeš čistou instalaci) se vytvoří složky Plugins, Mods a případně Coremods.
Složku Plugins znáš z craftbukkitu - tam přijdou všechny pluginy. Do Mods a případně Coremods zase módy - zde se hodí mít už nějaké aspoň základní zkušenosti se správou tekkit serveru.

Po té, co budeš mít připravený server, je třeba ještě upravit klienta. Jak už jsem psal výše, módy z tekkitu musejí být jak na straně serveru, tak na straně klienta. Takže potřebuješ (a i všichni ostatní hráči, kteří se budou chtít na tvůj server připojit) "namódovaného" klienta. Jsou 2 možnosti. Buď si to uděláš sám (FML ke stažení zde), anebo si můžeš už namodovaný klient stáhnout přes technic launcher a dodatečně si ho pak upravit.

To by ti, alespoň do začátku, mohlo stačit