Nějaký důvod to mít bude. Nepíše server v konzoli nějaké chyby ve chvíli když si dáš OP? O červený nick operátora se stará essentials, možná to je vypnuté v konfigu.

# A color code between 0-9 or a-f. Set to 'none' to disable.
ops-name-color: '4'

Ověř ještě jestli nemáš náhodou vypnuté command bloky v server.properties.

enable-command-block=false

Pokud tady chyba není, tak vypnout všechny pluginy, a následně je jeden po druhém postupně přidávat/zapínat a zkoušet si dávat OP, dokud neodhalíš ten, který dělá problém (na tohle je dobrý plugin Plugman).