Hopperem, jak jsi správně poznamenal, nepohneš.

Řešení tu ovšem je. Udělej si normálně 2 cesty (jednu na sklad a druhou na zpracování) s tím, že každou z nich budeš moci deaktivovat / aktivovat redstonem (Hoper znefunkčníš právě redstonem). Takže nějak udělat "Y" křižovatku, do každé větve natáhnout redstone (do prvního hopperu větve) a pak jen páčkama (možná by to šlo jen jednou) určovat trasu.

EDIT: Teď nad tím přemýšlím, ono asi nejde udělat Y křižovatku z hopperů...