Pokud se bude systém přeinstalovávat, nebudeš přece zálohovat soubory (možná rozdrbaného) systému. Musíš zálohovat DATA z disku C. Pokud máš HDD rozdělený na několik oddílů, při reinstalaci OS se ti ztratí vše jen z disku C (D, E.. zůstanou). Máš-li data na D, je to pro tebe jednodušší.
Pokud rveš vše na C, bude to složitější. Poctivě si projdi adresář po adresáři a zálohuj (kopíruj na jiný disk než je C, nejlépe i na externí) vše, co nechceš ztratit.
Je normální mít záloh více, na více místech. Závisí to i od toho, jak moc si svých dat ceníš.
--
Nový systém. Někdo je příznivcem mít vše na jednom disku (C), nemusí pak řešit případné problémy s místem, pokud některý diskový oddíl naplánuje v nedostatečné velikosti. Já preferuji mít v PC více logických disků. Na C (250GB) mám jen systém a profesní aplikace. Na D (250GB) mám data a virtuální (XP-mode) stroje. Na E (2TB, jiný fyzický disk) mám hry (Steam, Uplay, krabicovky..) a zálohy z C a D.