Něco podobného jsem taky zkoušel, nastavil jsem v msconfig počet procesorů na 2 (mám 4-jádro), všechno mi šlapalo až jsem pak zjistil, že se mi sekají hry. Vrátil jsem to do původního stavu, odšktrnul jsem to (fajka pryč), potvrdil a restartoval PC, vše už jede jak má.

http://www.stahuj.centrum.cz/direct/iR/magazin/930 2/procesory-pri-bootovani--c460xc329.png

Vyzkoušej to, možná to ale tvůj problém řešit nebude, nevím.