Hele napiš tam tohle

@ECHO OFF
SET BINDIR=%~dp0
CD /D "%BINDIR%"
"%ProgramFiles(x86)%\Java\jre6\bin\java.exe" -Xincgc -Xmx1G -jar craftbukkit.jar

Pokud mas 32bit

@ECHO OFF
SET BINDIR=%~dp0
CD /D "%BINDIR%"
"%ProgramFiles%\Java\jre6\bin\java.exe" -Xincgc -Xmx1G -jar craftbukkit.jar

Mělo by to jít, prostě ti to vyhodilo klasickou chybu ze nerozumí příkazu.